在若干军政措施中，陈诚在台湾所推行的土地改革改变了台湾的政治、经济和社会结构，在土改方法上与大陆同时进行的土地改革形成对比。在大陆，各地对土地改革的具体组织方式虽有差异，但大抵如这样的叙述： “各地组织了大批的土地改革工作队到农村中去，每年达三十万人以上。土地改革工作队到农村以后，一般采用了访贫问苦，诉苦串联与召开农民代表会议，举办农民积极分子短期训练班相结合的方式，逐步深入地而又广泛地把农民组织起来，由少数人的贫雇农小组，逐步发展到包含中农在内的群众性的农民协会。经过多次的农民群众大会与农民代表会议，以诉苦的方式，用农民群众自己亲身的经历教育农民，启发农民的阶级觉悟；并向农民解释政策，以提高农民的政治觉悟和政策水平，然后由广大农民群众自觉地行动起来，与地主阶级进行面对面的尖锐斗争，逼使地主阶级在群众的威力面前屈服低头。” 1 这种暴力的方式本身是中共阶级斗争政治策略的一部分。而在台湾，土地改革目的在于通过有交换的社会资源重新分配，调动农民的生产积极性，同时不伤害地主的肉体与利益。陈诚为台湾的土地改革设计了三个阶段，首先是通过立法院颁布条文实施“三七五减租”（1951年5月25日），即佃农每年向地主缴纳的地租为主作物全年总收成——通过两年平均计算的年产量——的37.5%，而过去平均地租为56.8%，有些地方甚至高达70%。“三七五”显然降低了地租，因而减轻了佃农的负担，调动了他们的生产积极性，同时拉低土地价格，为后面阶段佃农购买土地的改革做准备。考虑到佃农双方的利益保证，耕地租约的时间不能少于六年，地主不能中途终止租约，租期届满时，原佃农有优先续租权，同时，佃农在地主出售土地时有优先购买权；而一旦佃农没有能够在两年内实现应该的地租缴纳时，地主有权终止租约。实施“三七五减租条例”一经颁发，就有超过30万的农民获得了租佃契约书，第一年全台湾粮食增产30%，佃农平均收入增加45%，以致人们将收获之后换得现金购买的农用工具例如牛、脚踏车称之为“三七五耕牛”和“三七五脚踏车”，因有钱娶的媳妇叫“三七五新娘”，如此等等。
从1951年开始，进行第二项土地改革“公地放领”。之前日据时代留下来的公地与日本人的私有土地需要充分耕种使用，原有的耕农、雇农、自耕农和半自耕农都有机会承领。这是一种土地的特殊买卖方式，承领人要交付承领土地的地价，价格计算的方式是全年农作物（稻米与甘薯）收获量的2.5倍，分十年无息付清。这种方式为那些没有现金能力的农民提供了机会，因为农民支付地价的方式是以当年的收成作物，同时也保证了政府的收入。整个台湾放领土地供给13万公顷，承领户达236000余户。
到了1953年，政府宣布的改革是让农民实现“耕者有其田”，每一个佃户都有自己的土地。方法是，地主保留政府基于地主生计与渐进策略而规定数量的土地，其余的部分由政府征收，之后放领给佃农。征收的内容也包括一些可供佃农使用的房舍、晒场、池塘与果树等，然后放领给现耕农民。补偿地主出让土地的费用中70%是政府发行的实物土地债券，年息4%，十年平均偿付；其余30%一次性给付水泥、纸业、工矿、农林等公营事业股票。政府将征收的土地以低价贷款的方式分售给农民，土地资源的支配得到合理并适合于规模经济发展的安排。这项政策导致征收放领耕地139249公顷，其中占私有出租土地的55%，被征收土地的地主十六万六千户，占全部登记地主的60%，受领耕地农户194823户，占承租私有耕地佃农的65%，佃农数量大大减少。
三年土地改革成果的基本数据是：农业生产提高21.63%，土地生产力增加21.52%，劳动生产力提升15.22%；与之同时，台湾的佃农与地主之间的租佃关系消失，农民在政治、社会、法律上获得真正的独立地位；地主转移土地的资金用于工商业，地主可以将资金投入到公营的水泥、纸业、工矿和农林公司中，转为私营，其结果是，促使了工业与城市经济的迅速发展，很多地主成为资本家。这为1953年至1956年的第一个四年经济发展计划的实施提供了条件。
在光复之前，台湾就存在有协调利益和运作农业的农会。土地改革开始，成立新农会，而农会的主要负责人例如理事长、总干事都是原来的地方精英，而不是没有文化的农民，这样的结果是有效地发挥农会的作用：保障农民权益、传播农业知识以及协助提高农业产量，其中没有意识形态与相应的暴力压迫。事实上，无论是台湾还是大陆，地主与佃农之间并不是中共宣传的那样个个处于水火不容的矛盾关系，中国的传统道德和乡村文化，决定了人际关系的复杂性与情感的亲疏。当台湾的地主在股票与工商业领域实现巨大的经济效益之后，他们就开始参与地方自治的选举，结果是，被选举进入政坛的人，往往又代表地方的农民利益参与政治治理，原有的乡村文化与人际秩序得以继续保留；而大陆土地改革的阶级斗争性质则消灭了这样的可能性。
大陆土地改革与台湾同时期的土地改革都是在政府主导下进行的，但是，前者是通过没收地主土地来争取农民的利益，后者是通过交换来获得财富的重新分配；前者激化阶级矛盾，后者缓和阶级冲突；前者让被征收土地的地主缺乏循环经营的条件，后者为出让土地的地主提供了未来投资工商业的机会。产生这种差异的根本原因在于：中共进行土改的目的是消灭地主阶级与私有制，让财富集中在中共控制的国家手中，而台湾的土改目的是释放生产力和发展包括私人所有的社会经济。对于一个有经济常识的人来说，台湾的土地改革将会给台湾经济带来什么样的后果是可以推导与想象的。直到这时，国民党才让早年孙中山提出来的“耕者有其田”真正获得实施。
在与李宗仁谈判期间，中共已经决定进攻台湾，1949年3月15日，《人民日报》发表新华社时评《中国人民一定要解放台湾》：
中国人民解放斗争的人物就在解放全中国，直到解放台湾、海南岛和属于中国的最后一寸土地为止。
12月31日，中共宣布：“1950年的光荣战斗任务，就是解放台湾、海南岛和西藏。”中共全力以赴准备军事进攻台湾。而这时，美国对台湾的命运还不十分关心。1950年1月5日，杜鲁门宣布了对台的不介入政策：
美国对台湾或其他任何中国的领土没有侵占意图。美国此刻根本不想在台湾获取特殊利益或权益，也不想在该地建立军事基地。美国也没有动用其武装力量去干涉当前局势的任何意图。美国政府不会执行一项将导致卷入中国内战的方针。
同样， 美国政府将不会向台湾的中国军队提供提供军事援助或建议。 2
1950年2月24日，国民政府立法院正式决议请求蒋介石复职，次日监察院提交《弹劾李代总统案》。3月1日，蒋介石正式复任总统；3月3日，蒋宣布了 四项施政方针 3 ：
（一） 军事上，先要巩固台湾基地，进图光复大陆。
（二） 国防上，先要尽其在我，自力更生；同时要联合世界上民主国家，共同反共，一致奋斗。
（三） 经济上，以劳动为第一，提倡节约，奖励生产。
（四） 政治上，尊重民意，履行法治。
7月22日，国民党中央常务委员会通过《中国国民党改造案》，明确国民党为“革命民主政党”，明确目标任务是：国家独立，人民自由、政治民主、经济平等、世界和平。蒋介石要求清理党组织和机构，党员要重新登记，肯定的，傅作义和宋庆龄等人被除名。同时，正如大陆共产党处决国民党残留人员一样，在台湾的蒋介石也命令尽量捣毁共产党地下组织，逮捕与处决共产党人。
一开始，对于蒋介石来说，退守台湾只是一个临时举措，他会重新组织国民党及其军队“反攻大陆”，他在7月22日召开的中央执行委员会常务委员会扩大会议上说：
我们必须把台湾作为我们反攻大陆的基地，作为亚洲自由民族斗争的先锋队，以及为世界和平而战的英勇斗士。为实现此目的，我们要彻底改组我们的党，以使重新组织我们的革命机器和重新振奋我们的革命精神。从消极的方面讲，我们要坚持消除宗派之间以及党内的个人之间的冲突。我们再也不能容忍那些导致我们大陆灭亡的个人主义行为和思想的存在，如果不坚决制止，那也将导致我们在台湾的灭亡。
同时，在5月到6月期间，美国有关台湾的政策也在发生变化。5月17日，美国驻台代办报告华盛顿：“台湾的命运已经注定，共产党可能在6月15日至7月底之间发动进攻。”至少在5月26日，国务院给出的信息是让美国驻台湾代办机构“尽早和逐步”采取措施准备撤离。但在中苏互助条约签署之后，美国军方的立场逐渐变得明显强硬。最初，针对4月国家安全委员会提交的第68号文件（NSC68）的内容——认为苏联有可能在1954年发动战争，杜鲁门因要大量增加国防预算而态度犹豫。但是，朝鲜战争的爆发，让美国重新审视台湾在亚太地区的位置的意义，美国认为共产党的军队使用武装入侵和战争，将直接威胁到太平洋地区的安全以及美国在该地区的军事力量。之前美国“有选择、有重点”的遏制战略让位于“全面遏制”的战略。中共政权在大陆建立了中华人民共和国，这本不影响蒋介石让世界各国继续承认他的国民政府。随着苏联对中华人民共和国的承认，东欧一些社会主义阵营的国家波兰、捷克等也陆续认可，这对蒋介石构成了严峻的挑战。现在，在台湾和美国看来，国民党政府很难成功地抵御有苏联支持的中共的进攻。至6月中旬，美国对台政策发生根本性的变化：鉴于遏制中国实际上就是遏制苏联，既然有人认为“苏联已经安全接管了共产党中国”，美国必须帮助维系台湾的抵抗力量，并且永远不让共产党得到台湾。7月底，联合国军总司令麦克阿瑟访问台北，与蒋介石商讨如何应对新的远东局势，接着，美国在台北建立常驻机构。蒋介石也提出安排国民党军队参与朝鲜战争，美国延迟决定答复最后没有同意，但是美国派出军事顾问，援助军火以及派出舰艇前往台湾的举措已经陆续实施——第七舰队于朝鲜战争爆发后进入台湾海峡以阻止中共解放台湾。从1950年6月到次年6月底，美国对台湾的援助达9800万美元，随后若干年里，美国对台湾的援助源源不断。当朝鲜战争爆发，中共的军力和资源陷入其中，而美国又改变了对台政策转而对台实施军事保护，中共进攻台湾被搁置。相反，台湾不断有“游击队”——中共将其表述为“国民党残余”、“美蒋特务”或者“匪帮”——在大陆从事军事或者破坏活动，并一直勉强持续到中共“一定要解放台湾”的口号声也渐渐消失的70年代。
1952年4月28日，台湾与日本在台北签署《中日合约》，于同年8月5日互换批准书生效，双方互派大使。1953年2月1日，联合国第六届大会表决通过，判定苏联没有履行1945年8月14日签署的《中苏友好同盟条约》，15日，台湾政府废止该条约。现在能够让蒋介石满意的是，在世界上（联合国的表述），中华民国仍然是中国人民的唯一合法政府。
1953年2月，美国总统艾森豪威尔（Dwight D.Eisenhower）宣布解除台湾中立化，台湾军队可以对大陆采取军事行动；3月，任命美国台湾代办蓝欣（Karl L.Rankin）为驻华大使；1954年12月2日，台湾与美国签署《中美共同防御条约》，外交部长叶公超告诉美国，台湾军队的军事行动听从美国的安排，不经过后者的同意不会进攻大陆。不过，在大陆方面，1955年1月，中共军队对大陈岛进行过轰炸，国民党守备部队全部战死；1954年和1958年的两次攻击金门与马祖岛都以中共的失败告终。由于美国不断加强对台湾的保护和作出实现其安全的承诺，中共判断自己不再有条件实现“解放台湾”，除了断续炮击金门岛以外，大陆中国与台湾从此形成对峙，两岸都有政府，两岸都不否认台湾是中国的一部分（一个省份），但直至1971年10月之前，台湾政府都是代表中国的联合国成员，尽管中共控制着中国的绝大部分领土。